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°silvia°
Nuovo Arrivato
Prov.: Genova
Città: genova
100 Messaggi |
 Inserito il - 16 dicembre 2005 : 14:23:15
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Credo che alcuni di voi lo conoscano già però è sempre bene segnalarlo... il sito www.expasy.org è un database enorrrrmeeeeeeeee che contiente tutttttttto su proteine e robe simili =)
Puoi fare anche un sacco di cose! per esempio se hai la sequenza di un peptide ma non sai a cosa corrisponde beh.. li c'è la soluzione! e puoi anche vedere modelli tridimensionali delle molecole!
è semplicemente fantastico...
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biotech
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
170 Messaggi |
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Nuovo Arrivato
Prov.: Torino
Città: Torino
89 Messaggi |
Inserito il - 14 gennaio 2006 : 19:27:06
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Dite poco...a prescindere dalla raccolta di strumenti Swiss-Prot e Trembl sono due enormifici db di proteine, rispettivamente ben annotati e curati e invece meno l'altro. Personalmente trovo comodi gli strumenti che permettono di ricercare all'interno dei db determinate sequenze aa che corrispondono ad una struttura predefinita, tipo ipotetici siti di fosforilazione [date un occhio a prosite].
A livello di DB forse al momento va più di moda ensembl, ma gli svizzerotti restano unici in quanto a strumentini forniti di facile uso. |
http://www.medito.eu.org/vodka/odierno |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 gennaio 2006 : 12:50:34
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Se avete qualche link interessante da segnalare lo potete aggiungere nella sezione apposita di questo sito: guardate nella barra rossa in alto su ogni pagina di questo forum, c'e' una sezione chiamata 'Link Scientifici' accanto a 'forum', 'elaborati', e 'WCGTeam'.
Citazione:
A livello di DB forse al momento va più di moda ensembl, ma gli svizzerotti restano unici in quanto a strumentini forniti di facile uso.
Sono due cose diverse, il primo e' un sistema informatico per l'annotazione di genomi, mentre expasy e' un server che ospita un database di sequenze proteiche annotate! |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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data
Nuovo Arrivato
Prov.: Torino
Città: Torino
89 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 gennaio 2006 : 17:35:53
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il fatto che sia un 'sistema informatico' in teoria ha un significato molto piu' potente di quello di un semplice database.
Per esempio, se tu stai lavorando solo con un certo numero di specie (o di organismi della stessa specie) nel tuo laboratorio, potresti scaricarti il software di ensembl e utilizzarlo come sistema di annotazione solo per le tue sequenze, installandolo in locale sui tuoi computer.
Inoltre ci sono una serie di funzioni (API in Perl e Java, browser genomico, regole per l'aggiornamento, formati standard, interfaccia web, etc...) che tutte insieme formano Ensembl, quindi secondo me la definizione piu' corretta (che tra l'altro e' data dalle FAQs e dalla pubblicazione del sito stesso) e' quella di un sistema. |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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expasy
Inserito il - 14 gennaio 2006 : 18:51:21
