Ciao a tutti!!! ho appena effettuato l'iscrizione al forum per porvi un quesito a cui non so dare risposta:
TEMA: REAL-TIME PCR relativa
Finchè si parla di threshold cycle (Ct)ci sono, ma quando ci si perde tra delta Ct e doppio delta Ct mi perdo. Ho capito che si usa come riferimento un gene espresso in modo invariante (baseline housekepping) ma le espressioni matematiche che definiscono le variazioni dei cicli soglia assolutamente no! In più come tutto questo possa essere ricondotto al fold change derivante da indagini mycroarray mi è tuttora ignoto (in termini comparativi)!!!
Grazie mille GFPina, ora quelle formule hanno assunto un significato! Vorrei porti un'altra domanda (letta in una discussione sul blog ma a cui non è tuttora pervenuta una risposta):
Ma nel caso di una real time pcr assoluta lo standard che utilizzo per ottenere la retta std può essere un gene diverso da quello di cui si vuole quantificare l'espressione?
Ma nel caso di una real time pcr assoluta lo standard che utilizzo per ottenere la retta std può essere un gene diverso da quello di cui si vuole quantificare l'espressione?
Non avrebbe senso!!! Tra l'altro l'efficienza di ogni PCR è diversa, anche per comparare il tue gene target con geni housekeeping le efficienze delle PCR dovrebbero essere simili, figurati poi utilizzare uno standard di un gene per quantificarne in modo "assoluto" un altro!