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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
 Inserito il - 27 dicembre 2005 : 17:09:48
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Sempre io!
Qualcuno una volta mi ha accennato all'esistenza di programmi che, una volta inserito un allineamento nucleotidico, sono in grado di individuare regioni in cui è presente un constraint strutturale o funzionale, e regioni che invece sono piu' libere di mutare ed evolvere..
Ne sapete qualcosa?
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Ra1D
Utente Junior
Prov.: Bergamo
Città: Treviglio
174 Messaggi |
 Inserito il - 28 dicembre 2005 : 00:07:58
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Si, esistono programmi che inserendo una qualsiasi sequenza amminoacidica (forse pure nucleotidica,trovano loro la orf corretta),forniscono una predizione di possibili strutture secondarie.
Un programma che fà quello che ho detto è ad esempio Jpred:
http://www.compbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/
In breve, grazie ad homology modeling si riesce a stabilire, data una certa sequenza, quale è la probabilità che essa assuma una determinata conformazione tridimensionale, sulla base dell'osservazione diretta delle strutture secondarie in proteine cristallizzate. Si è infatti notato che le combinazioni di aa sono praticamente infinite, mentre le strutture secondarie ricorrenti sono poche a confronto.
Spero di aver chiarito qualche dubbio....oltre che di non aver detto cavolate 
Ciao
Simo
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...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza... |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 28 dicembre 2005 : 08:11:04
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si.. ma mi son spiegata male io!
Il programma di cui parlavo, dato un allieamento proteico o nucleotidico, riuscirebbe a determinare le regioni che accumulano mutazioni in modo relativamente veloce (nessun constraint), lento (regioni la cui struttura/funzione è esenziale), e regioni in cui si accumula (e fissa?)un certo tipo di mutazioni..che quindi son ipotizzate avere un significato funzionale ben preciso!!
Insomma, lo scopo sarebbe determinare quali mutazioni hanno un significato funzionale e quali semplicemente si verificano perche' quella particolare regione è relativamente libera di mutare..!!
Spero di essere stata piu' chiara!!!! |
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skabor
Nuovo Arrivato
13 Messaggi |
Inserito il - 29 dicembre 2005 : 12:00:32
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Si sei stata chiarissima, purtroppo però non credo che esista un unico programma in grado di fare esattamente tutto quello che cerchi, o almeno anche se esistesse io lo utilizzerei con una certa cautela...
In qualsiasi genoma ci sono regioni calde o siti ad alta frequenza di mutazione e li puoi individuare anche esaminando attentamente un allineamento multiplo di diverse sequenze magari dello stesso gene in organismi diversi), ma una mutazione può avere comunque un significato funzionale importante sia nel caso che avvenga in una di queste regioni variabili, sia in una regione relativamente costante, la differenza sta nel fatto che nel primo caso la probabilità che essa avvenga è molto più alta!!! Il significato della mutazione però non cambia!
Io starei attenta a questo tipo di predizioni, i programmi sono utili, ma purtroppo non hanno la facoltà di ragionare...
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 29 dicembre 2005 : 13:48:01
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Eh eh.. grazie mille, ma non preoccuparti!!
Un'idea di quello che sta succedendo alla mia proteina un po' ce l'ho gia'!! Cercavo solo di avere delle conferme..
Nessuno di voi ha mai usato per caso il pacchetto PAML? |
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skabor
Nuovo Arrivato
13 Messaggi |
Inserito il - 30 dicembre 2005 : 20:21:46
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mmm...se non mi sbaglio è un pacchetto per l'analisi filogenetica...
Non l'ho mai usato però se ti può essere utile te ne segnalo uno PHYLIP, che per l'analisi filogenetica è molto valido, ne esistono versioni sia per windows, che per linux, ho usato quello qualche volta e devo dire che mi sono trovata bene, anche se all'inizio è un pò poco intuitivo...com puoi trovare diverse guide online...
Spero di esserti stata utile! |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 02 gennaio 2006 : 19:07:36
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Grazie mille...
Ma ora so cosa stavo cercando: programmi che usano neutrality test, come il Tajima o l'HKA!
Beh, ancora non so bene come funzionano, ma almeno ora ho le idee un po' piu' chiare ed ho... una pista da seguire!!!
Ciao ciao e grazie ancora!! |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 07 gennaio 2006 : 13:47:49
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Potresti dare un'occhiata anche su BioPerl (o BioPython) e nella loro documentazione.
Dipende da cosa intendi per costraint strutturali o funzionali... Potresti anche semplicente utilizzare un paio di queste funzioni già disponibili (anche da EMBOSS e PHYLIP) per cercare le proprietà che ti interessano e vedere se rimangono conservate i un allineamento.
Così avresti un controllo più preciso dei risultati che ti escono fuori... facci sapere! |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 08 gennaio 2006 : 12:20:49
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Allora, domani torno in lab e penso ne parlero' col capo!
Se trovo qulacosa di interessante vi informo!
Comunque grazie a tutti!
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