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Dr Rock
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
 Inserito il - 22 luglio 2008 : 18:50:44
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Ciao a tutti...
Da tempo quando ho bisogno di qualcosa mi capita di aprire pagine di questo forum, tuttavia è la prima che scrivo.
Il mio problema è che non riesco più a fare degli allineamenti affidabili con blast.
Voglio vedere se una sequenze di un batterio ha omologie in altre specie, batteriche e non...solo che blast mi trova solo la seq di quello specifico batterio (nel mio caso Helicobacter pylori) e neanche un omologo in altre specie.
Non mi fido di questo risultato perchè lanciando in blast una seq di Borrelia burdorferi che fino a poco tempo veniva allineata anche con l'omologa in Helicobacter, ora viene allineata solo con se stessa.
Come può essere? Ho provato a leggere i tutorial di blast, ma non ho trovato niente che mi sia servito.
Vi ringrazio anticipatamente.
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 22 luglio 2008 : 19:05:39
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Ti riferisci al fatto che l'interfaccia di blast é stata cambiata qualche tempo fa?
Innanzintutto ricorda che blast é un programma euristico, e quindi non da' sempre li stessi risultati, anche se lanciato con gli stessi parametri.
Inoltre il cambiamento può essere dovuto al fatto che il database é cresciuto nel frattempo e quindi questo evidentemente influenza il risultato.
Fossi in te mi assicurerei di stare utilizzando gli stessi parametri e lo stesso database che utilizzavi prima, e inoltre, per identificare omologie remote, proverei psi-blast che é più sensibile in questi casi.
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
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