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Dunkelheit
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 Inserito il - 26 luglio 2008 : 17:34:30
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Salve a tutti,
come faccio a capire che una parte idrofilica sta fuori della cellula o dentro la cellula??
ho letto "ma non ci ho capito molto  " che la parte che sta fuori deve essere composta da: N qualsiasi amminoacido ST.
e poi oltre tutto ho che dentro la membrana ce ne sta un tot di ammino acidi ben preciso, come faccio a determinare il numero??
Anticipatamente vi ringrazio
Giuseppe
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 27 luglio 2008 : 19:13:08
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ciao,
non ho capito molto bene la tua domanda, ma per sapere se una proteina é di membrana o meno, e dove si trovano le sue eliche, dovresti usare un predittore.
Un esempio é questo:
- http://pongo.biocomp.unibo.it/pongo/
che é un lavoro italiano, funziona prendendo i risultati da diversi altri predittori e mettendoli assieme per avere un predizione migliore. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Dunkelheit
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 28 luglio 2008 : 23:37:12
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ok.
Allora se guardi l'immagine nel link di sotto osservi
che dentro la membrana ce un numero preciso di ammino acidi,
il punto e , come faccio a sapere questo numero????
oltre tutto l'inizio della proteina e di sopra, come faccio a capire se sta dentro o fuori la cellula????
http://www.unisi.it/ricerca/centri/sisbio/perneriweb/grup7new/fig2.html
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 29 luglio 2008 : 21:54:17
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Beh, si tratta di un'immagine statica... quindi la cosa migliore é contare! :)
Non é molto difficile se fai caso al fatto che ogni elica di membrana inserita contiene lo stesso numero di aa.
Per l'altra domanda, non mi viene in mente cosa possa significare ST.
In principio non avresti modo di dire con certezza quale parte sia quella esterna e quale interna, se non indicato, però probabilmente la domanda si riferisce a qualche osservazione spiegata dal tuo prof, quindi ti consiglierei di dare un'occhiata alla teoria :).
Forse le eliche esterne o interne tendono ad avere proprietà e composizione caratteristiche di qualche tipo, oppure vi sono particolari segnali.
Bisognerebbe anche sapere di quale membrana si sta parlando :) |
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Dunkelheit
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 29 luglio 2008 : 23:01:54
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ah capisco, sono solo un informatico  , e sto facendo una stage con il dipartimento di biologia, anche perchè la biologia e una materia che mi piace tantissimo, ad ottobre mi laureo e penso di prendere una laurea in biologia.
Quelle ST sono amminoacidi.
cmq lo stage che sto facendo riguarda allineamenti su profilo idropatico.
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