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Luisa G.
Nuovo Arrivato

einsteinLu
Prov.: Messina
Città: messina


19 Messaggi

Inserito il - 30 luglio 2008 : 18:56:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Luisa G. Invia a Luisa G. un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao!
Qualche anima pia saprebbe indicarmi una sezione di questo sito, o anche di un altro, in cui si parli di indagine statistica?
Spero che sia la sezione opportuna per chiedere!
I miei dubbi riguardano il programma STATA, ma anche una chiara descrizione del T student e del chi quadro sarebbero apprezzati!
Grazie anticipatamente!

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 30 luglio 2008 : 23:26:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Guarda qui:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1286

Per stata non ti saprei proprio dire. Però ti posso spiegare come farlo con R (che ha il vantaggio di essere molto potente e open-source).

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Simona84
Utente Junior


Città: milano


131 Messaggi

Inserito il - 31 luglio 2008 : 12:19:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Simona84 Invia a Simona84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
a me interesserebbe sapere come fare il chi-quadro con R...ho provato a gaurdare il sito ma non ci capisco molto...
grazie!!
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elly_
Utente Junior

brain blu



400 Messaggi

Inserito il - 31 luglio 2008 : 12:28:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di elly_ Invia a elly_ un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
vedi se ti va questo...
http://www.labmat.it/download/Presentation2.pdf
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Luisa G.
Nuovo Arrivato

einsteinLu

Prov.: Messina
Città: messina


19 Messaggi

Inserito il - 31 luglio 2008 : 15:45:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Luisa G. Invia a Luisa G. un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille ragazzi!
Inizio a spulciare tutto ben benino!
R eh?mi sa che sono proprio bestia in materia..e che devo assumere degli elementi di base per poterti importunare chick80!
Vediamo cosa combino...
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 31 luglio 2008 : 18:11:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Fare il chi quadro e il t test con R è veramente facile.

Ad es. abbiamo misurato il numero di colonie batteriche su due terreni diversi, 6 piastre per terreno
Vogliamo vedere se il terreno 2 fa crescere più colonie del terreno 1.
Usiamo un t-test

In R inseriamo i dati (in questo caso a mano, ma si possono anche leggere da file)

> terreno1 = c(110,115,112,122,118,114);
> terreno2 = c(140,130,160,110,156,164);
> t.test(terreno1,terreno2);

Otteniamo

Welch Two Sample t-test

data:  terreno1 and terreno2 
t = -3.2465, df = 5.428, p-value = 0.02024
alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 
95 percent confidence interval:
 -49.950298  -6.383035 
sample estimates:
mean of x mean of y 
 115.1667  143.3333 


Il p-value è significativo, quindi i due terreni sono diversi.


---

Per il chi quadro invece.

Tiriamo una moneta per 500 volte e otteniamo 200 testa e 300 croce. E' truccata?
In questo caso possiamo usare un chi quadro.

I dati osservati sono 200 e 300 gli attesi 250 e 250.

In R creiamo un vettore con osservati e attesi e poi usiamo chisq.test

> data = c(200,300,250,250);
> chisq.test(data);

Otteniamo


	Chi-squared test for given probabilities

data:  c(200, 300, 250, 250) 
X-squared = 20, df = 3, p-value = 0.0001697


p decisamente significativo, quindi la moneta è truccata.
Nota come facendo la stessa cosa con un numero di osservazioni molto minore perdiamo significatività

> data = c(20,30,25,25);
> chisq.test(data);

	Chi-squared test for given probabilities

data:  c(20, 30, 25, 25) 
X-squared = 2, df = 3, p-value = 0.5724

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TMax
Utente Junior

TMax

Prov.: BG
Città: Capriate


270 Messaggi

Inserito il - 19 agosto 2008 : 10:32:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di TMax Invia a TMax un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
chik80 scrive:

Il p-value è significativo, quindi i due terreni sono diversi.

non è proprio cosi...
il valore di p indica solo che non hai sufficienti informazioni per rigettare l'ipotesi nulla che i due terreni sono uguali...
non si può dire nulla sull'ipotesti alternativa a meno che non venga specificata qual'è...

è la distinzione tra il test di significatività di Fisher e quello d'ipotesi di Newman Pearson

ed è il motivo per cui si preferiscono altri strumenti inferenziali come gli intervalli di confidenza o i fattori bayesiani

... cmq... seghe mentali... non preoccupatevi...
:-)))

ciaooooooooo
TMax
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TMax
Utente Junior

TMax

Prov.: BG
Città: Capriate


270 Messaggi

Inserito il - 19 agosto 2008 : 10:36:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di TMax Invia a TMax un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
...
errata corrige...

il valore di p indica solo che non hai sufficenti informazioni per 'accettare' l'ipotesi nulla che i due terreni sono uguali...

sorry!!!
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 19 agosto 2008 : 12:19:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sì, hai ragione, anche se con p=0.0001697 possiamo anche dire che è vera l'ipotesi alternativa... (va bene la correttezza statistica ma a volte serve anche un po' di buon senso nell'analizzare i dati)

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TMax
Utente Junior

TMax

Prov.: BG
Città: Capriate


270 Messaggi

Inserito il - 19 agosto 2008 : 13:33:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di TMax Invia a TMax un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
infatti... è proprio il buon senso che ha portato molti a concludere che bisognerebbe bandire il valore di P dalle pubblicazioni scientifiche (vedi Rothman e altri di cui nn ricordo il nome)
:-))

cmq quello che bisognerebbe osservare non è la significatività statistica ( per quello che vale) ma la significatività biologica delle differenze...
se queste sono 'importanti' ( e non ci sono test statistici che possono definire quanto è importante una differenza) allora l'assenza di significatività è marginale...e la usa presenza è una ridondate conferma ...

ciaoooooooooooooooo
TMax
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 19 agosto 2008 : 14:04:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
concordo :)

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