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chick80
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Cittā: Edinburgh
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 Inserito il - 05 gennaio 2006 : 00:16:35
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I microarray sono dei chip solitamente in silicio su cui vengono legati (in vari modi) brevi sequenze nucleotidiche (15-50bp) rappresentative di un certo genoma o di una certa parte del genoma (es. puoi avere un microarray per i geni espressi nel muscolo o nel cervello o anche in tutto il genoma volendo).
Quindi conta di avere questo quadratino di silicio diviso in tanti piccoli quadratini, uno per ogni gene. In ognuno di questi quadratini hai diverse sequenze rappresentative di quel gene (di solito ci sono anche dei controlli negativi con sequenze mutate, ma non complichiamo troppo le cose).
Ora, diciamo che vuoi vedere quali geni sono attivati/disattivati in una certa malattia. Prendi 2 animali, uno sano e uno malato, estrai l'mRNA dal tessuto che stai studiando e lo retrotrascrivi a cDNA avendo cura di usare nucleotidi marcati con 2 fluorofori diversi per i 2 campioni. Ad es. il cDNA del tessuto malato sara' marcato in rosso e quello sano in verde.
Ora mixi il tutto e fai ibridare questi cDNA sul chip. Alcuni geni saranno espressi in entrambi i campioni, quindi in quelle posizioni del chip avrai sia rosso che verde, alcuni avranno solo rosso, altri solo verde, altri nulla.
Metti il chip in un'apposito lettore di fluorescenza e fai una foto del verde e del rosso, che puoi poi sovrapporre.
Avrai quindi spot verdi (solo il tessuto sano esprime quei geni), rossi (solo quello malato) e gialli (=rosso+verde, entrambi li esprimono).
ATTENZIONE! Fatta questa cosa sei MOLTO lontano dal dire che i geni marcati con rosso sono implicati nella malattia. I microarray sono un'ottima tecnica per avere dei dati preliminari da cui partire per la ricerca di geni implicati in un determinato processo, ma sicuramente un risultato del microarray non e' conclusivo.
Qui trovi una simpatica animazione (volume a palla che i suoni sono fantastici!!! :D) sul funzionamento del microarray
http://www.bio.davidson.edu/courses/genomics/chip/chip.html |
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microarray in 2 parole
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