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camilla
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
 Inserito il - 05 gennaio 2006 : 09:43:14
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...ragazzi un altro aiuto:
cos'è l' S1 mapping???
e come funziona? 
Grazie
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camilla
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
Inserito il - 05 gennaio 2006 : 12:14:07
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 c'è nessuno?
 cos'è l' S1 mapping  
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
 Inserito il - 05 gennaio 2006 : 14:06:45
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S1 Mapping
"Metodo basato sulla ibridazione in soluzione, piuttosto che sulla ibridazione su filtro.
Bersaglio: uno specifico RNA in una miscela di RNA purificata da un campione biologico.
Sonda: regione genomica corrispondente allo specifico RNA, clonata in un vettore del tipo M13.
Risultato: individuazione di regioni di DNA a singola elica in un ibrido DNA-RNA.
La nucleasi S1 è un enzima capace di digerire il DNA a singola elica, discriminandolo dalla doppia elica, che lascia intatta.
La doppia elica può essere un omoduplex DNA-DNA o un ibrido DNA-RNA.
Le porzioni a singola elica possono essere sia interne che esterne al duplex: la S1 digerisce il singolo strand e si arresta ai confini del doppio strand.
Si fa ibridizzare la molecola di RNA da analizzare con l’elica complementare del corrispondente frammento di DNA clonato in opportuno vettore e si digerisce con S1.
Regioni che rimangono a singola elica:
porzioni introniche
Regioni esterne al nucleotide di inizio della trascrizione o a quello di terminazione
Il frammento di DNA genomico che supponiamo contenere il sito di inizio della trascrizione (regione promotrice) viene clonato in M13. Il DNA a singolo filamento viene ibridato con il campione di RNA totale.
Il messaggero complementare al frammento clonato si appaia con esso. La porzione del DNA clonato che viene trascritta ibridizza con il corrispondente mRNA, formando un eteroduplex a doppio filamento. Poiché il sito di inizio della trascrizione è interno al frammento di DNA genomico clonato, rimarrà una porzione di DNA a singolo filamento (la porzione del promotore a monte del sito di inizio della trascrizione). Quando viene aggiunta la nucleasi S1, questa porzione, assieme al vettore, verrà digerita.
L’eteroduplex, che è a doppio filamento (DNA clonato-RNA omologo) verrà invece risparmiata.
Per determinare le dimensioni dell’eteroduplex si degrada l’RNA con alcali e si fa una elettroforesi su agarosio denaturante del DNA in singola elica.
Determinando le dimensioni della porzione di DNA che non è stata digerita da S1 si può posizionare l’inizio del trascritto rispetto al sito di restrizione utilizzato per clonare il frammento di promotore testato."
Se vuoi, posso darti anche un'immagine per capire meglio.
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La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)& |
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camilla
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
Inserito il - 05 gennaio 2006 : 17:35:37
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grazie a tutti!
certo Luis,
dammi tutto quello che vuoi |
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Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
Inserito il - 05 gennaio 2006 : 19:41:22
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La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)& |
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camilla
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
Inserito il - 06 gennaio 2006 : 20:41:17
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GRAZIE,
grazie a tutti...
giovedì ho l'esame: vi farò sapere |
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apke
Nuovo Arrivato
Città: lecce
9 Messaggi |
Inserito il - 23 gennaio 2008 : 09:14:03
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| potrei sapere come si isola un frammento dopo aver effettuato l'S1 mapping? |
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Discussione |
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S1 mapping
Didattica
