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Floc
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
 Inserito il - 03 settembre 2008 : 18:53:25
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Ciao a tutti, mi sto interessando da poco di bioinformatica per la mia tesi e vorrei sapere se qualcuno per caso mi sa dire se esistono dei parametri o dei range, con i quali, in base alla percentuale di identità della sequenza query con il best hit ottenuta con analisi mediante BLAST o FASTA,di una sequenza query può essere identififcata la specie o solo il genere o la famiglia. Per esempio con una percentuale di identità <95% può essere identificata la specie oppure dall'85% al 95% non è possibile essere sicuri della specie ma si può attribuire il genere etc... non so se sono riuscita ad esporre in modo chiaro il problema! Ringrazio comunque in anticipo per le eventuali risposte!Grazie!
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mak_steon
Utente Junior
138 Messaggi |
Inserito il - 03 settembre 2008 : 19:11:31
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Non credo che ci sia una regola, oppure dei range validi per tutti gli organismi, micro e non.
Inoltre dipende da che sequenza analizzi; cioè rDNA, regioni intergeniche, tRNA, ecc, ecc.
Ti posso dire che io lavoro con i batteri lattici, in particolare gene 16S dell'rDNA, e spesso con una percentuale di identità dell 99% non si riesce a discriminare la specie.
Ciao |
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Floc
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 04 settembre 2008 : 10:26:46
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Ti ringrazio per la risposta, io ho lavorato con sequenze ribosomali 16s batteriche (in effetti non avevo specificato il tipo di sequenze) e ho utilizzato prima BLAST poi FASTA contro il database ribosomale con 5171 sequenze scaricato dal sito Ribosomal Database Project II. Per ora sono delle "prove" per mettere a punto una strategia da seguire per il progetto vero e prorio (Metagenomica di campioni ambientali, in particolare di acque) e ottenuti i risultati delle analisi di sequenze era sorto il problema: se e come era possibile in qualche modo, in base alla percentuale di identità di sequenza ottenuta con il best hit identificare di quella sequenza query la famiglia il genere o addirittura la specie..e ci chiedevamo se per caso esistessero dei parametri già stabiliti .. delle linee guida da seguire.Ma a quanto pare no... Grazie comunque per la risposta!Ciao! |
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