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zingarofelice
Nuovo Arrivato



2 Messaggi
Inserito il - 12 gennaio 2006 : 16:30:29  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di zingarofelice Invia a zingarofelice un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti.
devo fare un allinemanteo per uno studio filogenetico di seq 16SDNA.
Le indicazioni che trovo in molti lavori parlano di correggere il multiallineamento utilizzando le informazioni della struttura secondaria ma non ho capito come farlo.
ZIngaro felice

Ra1D
Utente Junior

giro-Ra1D

Prov.: Bergamo
Città: Treviglio


174 Messaggi
Inserito il - 13 gennaio 2006 : 00:09:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ra1D Invia a Ra1D un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Di solito le strutture secondarie sono causate da sequenze ben definite,in questo caso di nucleotidi.
Guarda in letteratura se son state identificate delle seq del DNA 16S che formano strutture secondarie.
A questo punto quando vai a fare l'allinemento multiplo, può capitare che per motivi di score esso inserisca gap proprio tra una di queste seq, cosa che biologicamente non ha senso. In questo caso occorre una correzione manuale dell'allinemento multiplo:
ES: se la seq che crea la struttura secondaria è ATAGGGTG

Mentre nell'allinamento multiplo della tua seq contro quelle omologhe viene inserito un gap tipo: AAATTATAGG---GTGAATTT
devi far in modo che la seq che crea la struttura secondaria importante rimanga intatta, e quindi spostare tutto o a destra o a sinistra.
...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza...
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zingarofelice
Nuovo Arrivato



2 Messaggi
Inserito il - 14 gennaio 2006 : 12:10:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di zingarofelice Invia a zingarofelice un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie mille...
effettivamente grazie a quello che mi hai scritto inizio a dare un senso a quanto leggevo..
cerco di ripetere così vedo se ho capito:
1. cerco in un data base (come l'european ribosomal project) sequenze secondarie di 16SDNA di Campylobacter (penso che di C. jejuni non sia difficile trovarlo)
2. "guardo" il mio allineamento "seguendo" la struttura secondaria di campylo..
3. se nei punti dove vedo esserci delle delezioni e non hanno senso (come mi hai spiegato) cerco di correggere manualmente..
ma ho una domanda:
dal momento che devo allineare la mia sequenza con una ventina di differenti specie di Campylobacter, devo controllare la struttura secondaria di tutti e 20 o basta che uso a "stampo" quella di una singola specie (come C. jejuni)?
in ogni caso grazie mille dell'aiuto
zingarofelice
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Ra1D
Utente Junior

giro-Ra1D

Prov.: Bergamo
Città: Treviglio


174 Messaggi
Inserito il - 14 gennaio 2006 : 21:52:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ra1D Invia a Ra1D un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non dovrebbero esserci un numero grandissimo di sequenze identificate che portano a struttura secondaria conosciuta, quindi bene o male le parti "importanti" dovrebbero essere abbastanza simili in tutte le altre seq che usi x l'allineamento multiplo (anche se questo dipende dalla % di omologia e quindi dalla distanza evolutiva delle seq che hai scelto).
A quanto ho capito però son tutte seq di Campylobacter, quindi non avranno grandi differenze immagino. Quindi in linea di massima le strutture secondarie saranno molto simili, ergo puoi prenderne una come "stampo".
Eventualmente potresti provare ad usare la tua sequenza su programmi di predizione di struttura secondaria, che fornirebbero ulteriori informazioni sulla sua eventuale localizzazione.
Bye
Simo
...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza...
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