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Autore

Discussione

Zanna
Nuovo Arrivato

Prov.: Lecco

33 Messaggi

Inserito il - 19 settembre 2008 : 18:34:57

ciao tutti,

lavoro in linux da qualche anno, ma non ho mai trovato un editor di sequenze analogo a bioedit. Alcuni amici mi hanno consigliato qualche soluzione, ma le trovo tutte bruttine e con pochissimi strumenti.

Qualcuno si trova bene con un qualche editor particolare?

Ovviamente ho provato la strada wine, ma con le distro che usiamo in lab (ubuntu - debian) non gira.

grazie.

lele

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 19 settembre 2008 : 21:27:57

Effettivamente BioEdit (che non conoscevo) con Wine non funziona, anche se in passato funzionava bene. Ho provveduto a segnalare l'errore...
magari risolvono.
http://appdb.winehq.org/objectManager.php?sClass=version&iId=8726
Potrebbero rilasciare il codice sorgente per�...

C'era un post di dallolio che elencava alcuni editor di sequenze, ma ora il sito non � raggiungibile... Se torna online il posto il link.

Io sto usando CLC sequenze Viewer
http://www.clcbio.com/index.php?id=28
Bella grafica, gratuito e funziona su linux...ma ha molte funzioni limitate.

E sto cercando di imparare Jalview 2 http://www.jalview.org/

Spero possano servirti.

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 19 settembre 2008 : 22:07:49

C'� gi� un post aperto:
- http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=8438

Leggi pure su wikipedia:
- http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequence_alignment_software#Alignment_Viewers.2FEditors

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)