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Rasmol
RasMol e' un programma per la visualizzazione di molecole in 3D,
progettato per la visualizzazione di proteine, acidi nucleici e piccole
molecole, basato su RasMol-2.6. di Roger Sayles. Il programma ha come
finalita'la visulizzazione di immagini di qualita' per scopi didattici e
di divulgazione.
Le rappresentazioni attualmente disponibili includono i fili di ferro
depth-cued, cilindri ' Dreiding ', sfere (CPK), sfere e
clindri, solidi e nastri biomolecolari, le etichette dell'atomo e le
superfici punteggiate.
RasMol è un programma di grafica molecolare per la visualizzazione di proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Il programma ha l'obbiettivo di mostrare, scopi didattici e generare immagini di per la pubblicazione. Rasmol funziona sotto un ampio numero di architetture e sistemi operative, come sistemi Windows, Apple Macintosh, UNIX e VMS. UNIX e VMS richiedono una versione di X Windows con 8,24,32 bit di colore (X11R4 e successive).
Il programma legge file di cordinate molecolari e mostra interattivamente la molecola sullo schermo in una varietà di schemi e rappresentazioni. Le rappresentazioni attualmente disponibili includono i fili di ferro
depth-cued, cilindri ' Dreiding ', sfere (CPK), sfere e
clindri, solidi e nastri biomolecolari, le etichette dell'atomo e le
superfici punteggiate.
I formati di file di input includono Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy and Sybyl Mol2 formats, Molecular Design Limited's (MDL) Mol file format, Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XYZ (XMol) format, CHARMm format, CIF format e file mmCIF format. Se non ci sono informazioni sulla connetività tra gli atomi, questa viene calcolata automaticamente.
La molecola caricata puà essere mostrata come wireframe bonds, cylinder 'Dreiding' stick bonds, alpha-carbon trace, space-filling (CPK) spheres, macromolecular ribbons (either smooth shaded solid ribbons or parallel strands), hydrogen bonding e dot surface.
Gli atomi mossono anche essere etichettati con stringhe di testo arbitrario.
Conformeri alternativi e modelli NMR multipli possono essere colorati singolarmente e identificati in etichette sugli atomi.
Differenti parti della molecola possono essere colorate e rappresenteate indipendentemente dal resto della molecola o mostrate in molte rappresentazione simultaneamente.
La molecola può essere rotata, spostata, ingrandita interattivamente usando sia il muose che le barre di scorrimente, la linea di commando o un box di dialogo annesso.
RasMol può leggere una lista di comandi preparati in un file script, per permettere di riportare ad una data immagine o un punto di vista particolare.
L'immagine renderazzata può essere esportata da RasMol in molti formati compreso raster o vettore PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT, Sun rasterfile o come un input script MolScript o Kinemage.
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